Na pobudo tedanjega generalnega ministra Geralda Eudesa je bila leta 1339 ustanovljena bosenska vikarija, ki velja za pramater tudi današnji Slovenski frančiškanski provinci sv. Križa. Leta 1378 je imela že 35 samostanov, razdeljenih na sedem kustodij, njeno ozemlje pa se je raztezalo od Bolgarije in Transilvanije do Apulije in Kalabrije v Italiji. Iz te vikarije je v teku stoletij nastalo več samostojnih provinc in ena izmed njih je tudi bosensko-hrvatska, iz katere je nastala Slovenska provinca sv. Križa.
Ko so Turki zasedli Bosno, se je leta 1514 bosenska vikarija razdelila na dve provinci: Bosno Srebreno, ki je obsegala samostane pod turško oblastjo, in Bosno Hrvatsko. Ker so Turki vedno pogosteje vpadali v krščanske dežele, so kmalu uničili večino samostanov, brate pa pobili ali pregnali. Takrat so ustanovili nekaj novih samostanov, nekaj pa so jih dobili od sosednjih provinc (predvsem avstrijske in dalmatinske). Leta 1708 si je provinca privzela ustreznejše ime Hrvatsko-kranjska provinca sv. Križa.
Jožef II. je leta 1783 hrvatsko-kranjsko provinco razdelil na dve samostojni provinci: hrvatsko-primorsko in kranjsko. Ker je slednja obsegala le sedem samostanov, ji je cesar leta 1785 za šest let pridružil več samostanov na Štajerskem in Koroškem in dal provinci ime Provinca sv. Križa Notranje Avstrije.
Ustanovitev Ilirije je torej pričakala provinca s samostani na slovenskem ozemlju in samostanom v Pazinu v Istri. Francoski general Marmont je leta 1810 ustanovil Ilirsko provinco sv. Križa, ki je obsegala ozemlje prejšnje hrvatsko-kranjske province, kar pa se ni zgodilo, saj se je francoska okupacija Ilirije kmalu končala.
V tem obsegu se je provinca pod imenom “Hrvatsko-kranjska” obdržala do leta 1900, ko je bila 3. junija z dekretom generalnega ministra Alojzija Lauerja “Ordine nostro” razdeljena na dve narodni provinci: hrvatsko sv. Cirila in Metoda in kranjsko sv. Križa. Takrat sta se priključila kranjski provinci tudi samostana pri Sv. Trojici v Slovenskih Goricah in v Mariboru.
Ob ustanovitvi leta 1900 je kranjska provinca obsegala naslednje samostane: Ljubljana, Novo mesto, Kamnik, Kostanjevica pri Gorici, Brežice, Maribor, Nazarje, Pazin v Istri in rezidenci pri Sv. Trojici in na Brezjah. Leta 1900 je provinca prevzela v oskrbo Sveto goro, leta 1907-1908 pozidala cerkev in samostan na Viču in leta 1910 prevzela župnijo Žabnice z romarskim svetiščem Sv. Višarje. Leta 1914 je bila provinci izročena še božjepotna cerkev pri Novi Štifti na Dolenjskem.
Po prvi svetovni vojni je provinca izgubila postojanke na Sveti gori, Kostanjevici, v Žabnicah in v Pazinu. 22. julija 1919 si je provinca privzela sedanje ime: Slovenska frančiškanska provinca sv. Križa. Goduje na praznik Povišanja sv. Križa, 14. septembra.
Leta 1926 so frančiškani zgradili cerkev v Šiški, leta 1930 ustanovili rezidenco na Rocnem pod Šmarno goro, kjer je bil najprej klerikat za gimnazijce, potem počitniški dom za klerike, tik pred vojno pa je bila tu ustanovljena tiskarna. V letih 1936-1937 je bil v Ljubljani zgrajen serafinski kolegij in nov klerikat, leta 1937 pa je bila ustanovljena tudi postojanka za Bežigradom.
Med drugo svetovno vojno je provinca izgubila samostan v Brežicah in rezidenco na Rocnem, z novo državno razmejitvijo pa dobila postojanke na Sveti gori in na Kostanjevici pri Gorici (1947), v Kopru (1953 – kjer so frančiškani 7 let upravljali tudi stolno župnijo) in v Strunjanu (1955). Leta 1958 je provinca prevzela župnijo Dobova (vrnila jo je leta 2007), leta 1979 župnijo Prosek (tržaška škofija), ki jo je leta 1990 vrnila, in leta 1986 župnijo Žabnice z božjepotno cerkvijo sv. Višarje (videmska škofija), ki ju je vrnila leta 1995.
Danes ima provinca 13 samostanov in dve podružni hiši, v ZDA pa en samostan in dve podružni hiši. V lemontskem samostanu ima sedež Slovensko versko Csroerdinščteh. Bratje vodijo tudi tri slovenska narodna in kulturna središča v Avstraliji.
Provinca je tudi misijonsko dejavna. Dva brata delujeta v Francoski Gvajani.